人民法院處理勞動爭議案件和處理一般民事糾紛一樣，適用《民事訴訟法》的規定。其主要程序有一審程序、二審程序、審判監督程序等。

一審程序分如下4個階段進行：

1、起訴和受理。人民法院收到起訴狀或者口頭起訴后，進行審查認為符合起訴條件的，應當在7日內立案，并通知當事人;認為不符合起訴條件的，應當在7日內裁定不予受理;原告對裁定不服的，可以提起上訴。

2、審理前的準備。正式審理之前人民法院還要做—些準備工作，比如向被告發送起訴狀副本，組成合議庭，開展調查或委托調查，通知當事人參加訴訟等。

3、開庭審理。法庭調查時，按當事人陳述、證人作證、出示證言書證等證據、宣讀鑒定結論和勘驗筆錄的順序進行。進入法庭辯論后，先由原告及其訴訟代理人發言，然后由被告及其訴訟代理人答辯，再由各方相互辯論。辯論之后由審判長按照原告、被告、第三人的先后順序征詢各方最后意見。

4、依法做出判決。判決前能夠調解的，還可以進行調解，調解不成的，應當及時判決。

二審程序。當事人不服一審判決的，可依法提起二審程序。但須在一審判決書送達之日起15日內向上一級人民法院提起上訴。上訴狀應當寫明當事人的姓名、法人名稱及法定代表人的姓名，原審人民法院名稱、案件編號和案由，上訴的請求和理由。上訴狀應通過原審人民法院提交，并按對方當事人或代表人的人數提交副本。二審人民法院做出的判決為終審判決。

審判監督程序是當人民法院對已經發生法律效力的判決和裁定發現確有錯誤而需要再審時所進行的程序。當事人也可以申請再審，但須在判決發生法律效力后兩年內提出。